明代大报恩寺遗址工地在雨花路东侧，过长干桥左拐，沿着一条小巷——扫帚巷走一会儿，便是大报恩寺遗址工地的铁门。进入工地，烈日下，工地上只有寥寥几个考古队员，沿着古寺中轴线对称的两个驮碑的赑屃，格外显眼。
　　“考古工作基本结束后，大报恩寺北区的布局也就一目了然了！”站在工地上，一位考古工作者告诉记者。工地上挖掘出了香水河河道，当年是流入秦淮河的。工地正西方的香水河河道上有一座最近被发掘出来的石桥，这就是当年的香水河桥，是进入大报恩寺的必经之路。山门（金刚殿）的位置并不在考古发掘工地的范围内，而是在围墙外的雨花商业大厦的下面，其基址无缘看到。
　　从香水河桥向东延伸出去是一条石板路，考古工作者介绍，这条路是清代修筑的，明代的那条路还在它的下面。大报恩寺被毁后，这条寺庙中的“主干道”并未湮没，路上还可以看到琉璃塔散落下的琉璃碎片。
　　传说中的“碽妃殿”？
　　香水河桥的后面，接连有两个较高的高台，据考古工作者介绍，这是大报恩寺的天王殿和大雄宝殿的基址。“那大雄宝殿，就是民间传说中的碽妃殿了！”朱棣的生母究竟是谁，一直是一个谜。有一种说法认为，朱棣的母亲是来自朝鲜的碽妃，朱棣建大报恩寺，就是为了纪念自己这个出身寒微的母亲。
　　清代南京文人陈作霖在《养和轩随笔》中写道，他幼年时游览大报恩寺（当时大报恩寺尚未被毁），见大殿“封闭不开”，老年人说，这个大雄宝殿是为了纪念碽妃而建，南京民间俗称“碽妃殿”。不过，究竟大报恩寺内有没有碽妃殿，这座寺庙究竟是不是为了纪念碽妃而建，还有待进一步考证。