镇江双井路宋元粮仓遗址被损毁事件发生后，引发社会各界广泛关注和媒体跟踪报道。国家文物局高度关注此次文物损毁案件，先后三次派员赴现场督促相关单位停止破坏行为，制定文物保护方案。9月14日，根据中央领导批示要求，国家文物局副局长董保华率督察司副司长刘铭威、文物保护与考古司副司长陆琼等再次赴镇江现场督办双井路宋元粮仓遗址损毁事件调查处理工作。
　　在双井路宋元粮仓仓基遗址现场，督察组看到，经多次督察，涉及该遗址的“如意江南”小区建设项目已全面停工，2号仓基和拖板桥遗址基本保存完好，1号仓、3号仓和8号仓残存局部。随后，督察组召开现场会，就如何处理该起文物违法事件提出督察意见。江苏省文物局、镇江市委市政府、镇江市文广新局主要负责同志参加会议。
　　会上，督察组阐明了镇江双井路宋元粮仓遗址的重要历史价值，以及《刑法》、《文物保护法》中对文物破坏案件责任单位和责任人实施责任追究的法律依据。董保华传达了中央领导同志的重要批示，指出双井路宋元粮仓遗址损毁事件是一起典型的法人违法案件，国家文物局已列为2010年重点督办案件。他结合国家文物局对以往重点督办案件的处理过程，阐述了文物保护与文物执法督察工作理念，要求镇江市委市政府提高对文物保护工作重要性和依法行政的认识水平，主动承担责任，正确处理双井路宋元粮仓遗址损毁事件，依法监管、依法督察、依法审批、依法纠正。他要求，以“依法合规，保质保量，从速从快”为原则，进一步做好工作：一是镇江市人民政府要组织深化论证双井路宋元粮仓遗址保护方案并尽快上报，实现最大限度保护；二是镇江市人民政府和有关部门要在厘清事实、明晰责任的基础上，尽快对相关责任人员作出处理；三是处理过程和处理结果要真实负责地向新闻媒体通报，全力挽回该事件对大运河申遗和镇江市形象造成的不良影响；四是要举一反三，全面加强江苏省、镇江市文物工作，加大文物行政执法力度，完善执法机构建设，开展文物保护普法教育，推动全省、全市文物保护工作水平的全面提高。
　　镇江市人民政府市长刘捍东作出三点承诺：一是按照督察组有关要求，尽快制定科学的文物保护方案，最大限度地保护好双井路宋元粮仓遗址，力争不影响大运河申遗大局；二是在调查核实、分清责任的基础上，依法处理相关责任人员；三是市政府将进一步按照依法行政的要求，妥善处理好文物保护和经济社会可持续发展的关系，严格遵守《文物保护法》等各项法律法规，做好文物保护工作，使文物保护工作和提高人民生活水平相得益彰。
　　在江苏期间，江苏省人民政府副省长曹卫星会见了督察组一行。曹卫星明确表示，江苏省人民政府将督促镇江市政府和有关部门按照国家文物局督察组要求，实事求是、依法依规地把此次事处理好、纠正好，并及时总结经验教训防止类似事件的再次发生。