2001
    浙江省文物考古研究所和德清县博物馆联合对德清杨墩遗址进行试掘，材料初步显示该遗址可能是良渚时期玉器制作场所。
    浙江省文物考古研究所和桐乡市博物馆联合对桐乡新地里遗址进行了抢救性发掘。发掘面积近3000平方米，共清理良渚文化中、晚期墓葬140座，还发现良渚文化灰坑40余座，红烧土营建遗迹一座及水井、灰沟、祭祀坑等遗迹，共出土陶、石、玉器约1800余件套。
    浙江省文物考古研究所发掘了良渚遗址群的仲家山遗址。发掘面积300平方米，清理良渚文化墓葬4座。
    浙江省文物考古研究所发掘了良渚遗址群的天打网遗址。发掘面积约500平方米。
    2002年
    浙江省文物考古研究所发掘了良渚遗址群的姚家墩遗址600余平方米，清理出土台遗迹3处，房屋遗迹1处。
    浙江省文物考古研究所发掘了良渚遗址群内的塘山遗址（金村段）458平方米，获得大量的玉、石制品及玉料，发现与制玉有关的石砌遗迹三处，进一步确认了塘山金村段应是一处良渚文化晚期的治玉遗址。
    浙江省文物考古研究所抢救性发掘可良渚遗址群的凤山遗址100平方米，发现了单纯的良渚文化后续堆积。
    浙江省文物考古研究所和海盐县博物馆联合对遗址中心区进行抢救性发掘，发掘面积约2400平方米，清理崧泽、良渚文化各阶段墓葬共166座，出土玉器、石器、陶器和牙骨器等各类遗物1200余件套。另外，发现各期房屋遗迹21处，水井6座，灰坑69个，祭祀坑55个。
    浙江省文物考古研究所发掘了良渚遗址群的官庄遗址240平方米，基本弄清了遗址的分布范围、堆积情况
    浙江省文物考古研究所发掘了良渚遗址群的卞家山遗址400平方米，发现了单纯的良渚文化后续堆积，以及沿水的木桩等遗迹。
    上海博物馆与中国社会科学院考古研究所联合举办的“长江下游地区文明化进程学术研讨会”在上海博物馆召开，北京、山东、江苏、安徽、上海、浙江等地的30多位学者参加了会议，良渚文化是研讨的主要内容。会后出版了《长江下游地区文明化进程学术研讨会论文集》。
    2003年
    浙江省文物考古研究所第二次发掘良渚遗址群的卞家山遗址855平方米，发现墓地、居址和大型木构遗存，清理良渚文化墓葬5座。
    浙江省文物考古研究所和海宁市博物馆联合对海宁杨家角遗址进行抢救性考古发掘。发掘面积900余平方米，清理良渚文化墓葬22座。
    浙江省文物考古研究所和海宁市博物馆联合对海宁荷叶地遗址进行考古发掘。发掘面积500平方米，清理良渚文化小型墓葬12座。
    浙江省文物考古研究所和平湖市博物馆联合对平湖庄桥坟遗址进行抢救性发掘。发掘面积2000余平方米，清理良渚文化墓葬236座，出土随葬品2600余件，及1件带木质犁底的组合式分体石犁。这是目前发现最大的良渚文化墓地。
    浙江省文物考古研究所主编的《良渚遗址群考古报告之一：瑶山》出版。
    2004年
    浙江省文物考古研究所和湖州市博物馆联合对湖州市千金镇塔地遗址进行抢救性考古发掘，发掘面积3000多平方米，清理马家浜、崧泽、良渚等时期的墓葬58座，马家浜、崧泽、良渚、马桥各时期的灰坑130个，良渚早期房址1座，出土陶、石、玉、骨、木、象牙器等文物800余件。
    浙江省文物考古研究所和余杭区市文管办联合发掘了余杭区的三亩里遗址1500平方米，清理墓葬5座、较为明确的建筑单元5个、灰坑43座、沟6条、水井1口，出土各类器物110余件。
    浙江省文物考古研究所和余杭区市文管办联合发掘了余杭星桥后头山良渚文化时期墓地，发掘面积700平方米，清理墓葬21座，灰坑4座，包括一处面积近60平方米的红烧土坑状堆积，出土玉、石、陶各类器物500余件。
    浙江省文物考古研究所第三次发掘良渚遗址群的卞家山遗址，确认了红土台下的灰沟遗迹，并在200平方米的发掘范围内对灰沟作了清理，灰沟内出土大量良渚文化遗物及有机质残骸。
    浙江省文物考古研究所与桐乡博物馆联合发掘了桐乡姚家山遗址1300平方米，发现良渚文化人工堆筑的高台一处，清理良渚文化高等贵族墓葬7座，祭祀坑21个。出土陶、玉、石、牙骨器等珍贵文物260余件套，取得重大成果。
    2005年
    南京博物院与锡山区文化局发掘锡山丘承墩遗址，发现若干座良渚文化墓葬，目前正在进行。